Le squelette décomposé d'une jeune femme est retrouvé dans un caddie, mais comme elle souffre du syndrôme de Werner, Angela la dessine avec les traits d'une personne de 80 ans. L'enquête de Booth et Brennan les mène chez une ancienne tutrice de la victime, toutefois leur piste est mince et ils ont du mal à comprendre qui pourrait vouloir tuer une jeune femme aussi innocente.

  Des os luisants sont découverts dans une vieille maison de pierre et Brennan et Booth se rendent sur les lieux pour enquêter. A leur grande surprise, les os ne sont pas radio-actifs et ils n'ont aucune raison qui puisse expliquer pourquoi ces os sont luisants.

  Un homme mystérieux est retrouvé mort au beau milieu d'un cratère, son corps est applati comme s'il était tombé du ciel. Brennant et Booth tente de trouver son identité pendant que Hodgins invente toutes sortes de théories conspiratoires avec des aliens. Booth et Brennan découvrent qu'il s'agissait d'un astronaute qui a été assassiné.

  L'équipe des "fouines" doit identifier les os d'un athlète universitaire qui a souffert de nombreuses fractures. Après qu'ils ont réussi, ils parlent à la soeur de la victime et à quelqu'un qui jouait le rôle de conseiller auprès de lui. Angela et Hodgins ont une discussion importante. Zack est ravie de devoir effectuer la reconstruction d'os en miettes pour former un squelette.

  Booth et Brennan enquêtent sur un squelette retrouvé dans du ciment. Selon la théorie de Booth, le coupable serait Hugh Kennedy, membre d'une famille mafieuse. Et pourtant celui-ci aurait été tué dans un incendie de voiture. Booth découvre à ses dépens que le suspect n'est pas si mort que ça...

  Un conduit d'eau explose sous un cimetière et beaucoup de cercueils s'ouvrent, mélangeant ainsi les squelettes. Brennan et Zack doivent identifier les restes pour remettre les corps dans les bons cercueils. Mais ils découvrent les ossements d'un homme mort cinq ans auparavant, alors qu'ils pensaient que personne n'avait été enterré là ces cinquante dernières années.

  Alors que Brennan et Sullivan sont en vacances sur un bateau, Booth les interrompt pour enquêter sur le meurtre d'une jeune Asiatique retrouvée désossée dans une rivière. Son ex-fiancé est soupçonné de l'avoir tuée pour vendre ses os à une famille chinoise, qui souhaite réaliser un rite de mariage posthume.

  Peu après la publication de son nouveau livre, Brennan enquête avec Booth sur un meurtre au modus operandi similaire à celui que le tueur de son roman a utilisé. Mais cela ne s'arrête pas là, et les deux autres assassinats perpétrés ensuite suggèrent qu'il s'agirait d'un de ses admirateurs.

  Booth et Brennan enquêtent sur la mort de Terence Bancroft, l'un des principaux donateurs de l'Institut Jefferson, retrouvé mort chez lui. Tout porte à croire qu'il s'agit d'une affaire cocaïne, jusqu'à ce que Hodgins réalise qu'il s'agit de l'un de ses anciens amis. Il compromet l'enquête en faisant disparaître des preuves qui puissent le relier à la victime.

  Après avoir tiré sur le clown d'un camion de glaces en pleine rue, Booth est suspendu du FBI et doit consulter un psychologue. Brennan enquête alors avec un autre agent, Tim Sullivan, sur le meurtre d'une jeune étudiante retrouvée dans le ventre d'un alligator.

  Booth et Brennan doivent aller identifier un homme brûlé dans une cellule de prison. Il devrait s'agir de Howard Epps, le serial killer auquel ils ont déjà eu deux fois à faire. Mais à leur grande surprise, ce n'est pas lui. Ils apprennent très vite, à leurs dépens, que Epps s'est lancé dans une course à la vengeance dont l'équipe et leur entourage sont les premières victimes.

  Brennan et Booth sont appelés sur les lieux d'un crime où la victime a été crucifiée puis brûlée. Russ, le frère de Tempe, vient les voir et confie à Brennan qu'il a reçu un appel de leur père pour l'informer qu'ils étaient tous les deux en danger. Peu après, un prêtre contacte les deux enquêteurs pour les convaincre de renoncer à l'affaire, comme le souhaite le père de Brennan.

  Le corps d'un étudiant qui tournait un documentaire est découvert sans tête dans les bois. En enquêtant sur ce meurtre, Brennan et Booth sont confrontés à la légende locale d'une sorcière qui aurait été décapitée au 18e siècle.

  Les corps de deux adolescents, kidnappés cinq auparavant, sont retrouvés dans un engin aux allures de vaisseau spatial. Booth et Brennan enquêtent sur un serial killer dont le modus operandi est d'enterrer ses victimes vivantes et d'exiger une rançon. Une véritable course contre la montre commence alors pour Booth, Angela et Zack, quand Brennan et Hodgins sont emprisonnés dans une voiture à cinq mètres sous terre.

  Le squelette d'un procureur disparu il y a cinq ans est découvert dans le désert bordant Las Vegas. Peu de temps après, un deuxième corps est déterré non loin de là, et Bones remarquent des blessures cohérentes avec un passé de violence conjugales. Comme le mari nie toute responsabilité, le duo d'enquêteurs suit une piste qui les mène dans le monde souterrain de paris et de matchs de boxe ultra-violents.

  Le corps d'une petite fille qui participait à un concours de beauté est retrouvé sans vie. Les parents et les proches de ses adversaires dans la compétition sont aussitôt suspectés de ce crime atroce. Brennan et Booth les interrogent, mais commettent l'erreur de se rendre au cours de claquettes que la petite fille fréquentait, en espérant trouver le coupable.

  Après l'explosion de la chambre d'un luxueux hôtel, Booth et Brennan doivent identifier les victimes et enquêter sur les circonstances de l'accident. Ils sont ainsi amenés à s'intéresser à des réseaux de trafiquants de drogue, mais se heurtent bientôt à un pouvoir qui les dépasse : l'immunité diplômatique.

  Le corps d'un homme est retrouvé dans une baignoire remplie d'un liquide visqueux. Brennan et Booth enquêtent alors sur deux suspects qui présentent les mêmes motivations. Ils se rendent vite compte que la victime avait deux femmes et une petite amie...

  Après avoir déterré le corps d'une jeune fille, Booth et Brennan se rendent compte qu'il ne s'agit pas d'une affaire comme les autres. Ils constatent des ressemblances avec les crimes d'un serial killer emprisonné, Howard Epps. Pour en avoir le coeur net, ils l'interrogent aussitôt. Si Booth pense que cette piste ne les mènera nulle part, le duo d'enquêteurs se retrouve bientôt pris dans un jeu de pistes mené par Epps lui-même, du fond de sa cellule...

  Dans un camion de poubelle renversé, le corps d'un jeune homme, disparu depuis trois semaines, est retrouvé parmi les ordures. Lorsque l'enquête révèle qu'une jeune fille adoptée est le suspect principal, Brennan est blessée de voir que le reste de son équipe condamne aussitôt le système d'adoption, car elle en est elle-même issue. La tension continue de monter entre elle et Cam.

  Le corps d'une femme et de son enfant sont retrouvés dans la baie du Delaware. Il s'agit de Carlie Richardson qui a disparu depuis plusieurs mois. Les soupçons se portent aussitôt sur son mari, un notoire coureur de jupons. A l'institut, la rivalité entre Bones et Cam s'accentue. Quant à Booth il peine à accepter la présence d'un autre homme dans la vie de son fils Parker.

  Deux choses désagréables attendent Bones à son retour de vacances : d'abord une affaire sordide impliquant deux personnalités médiatiques (dont l'une se serait suicidée en lançant sa voiture contre un train) et le remplacement du Dr Goodman à la tête de l'Institut Jeffersonian par Camilla Saroyan, une ancienne connaissance de Booth.

  Synopsis : Temperance Brennan est une anthropologue hautement qualifiée qui travaille à l'Institut Jeffersonian. En examinant les squelettes de personnes décédées, elle est capable d'en reconstituer la vie et les circonstances de la mort. De telles capacités n'échappent pas au FBI qui fait appel à ses services dans le cadre d'affaires criminelles lorsque les méthodes traditionnelles d'identification des corps ne donnent rien. Temperance travaille en collaboration avec l'agent spécial Seeley Booth, ancien sniper de l'armée qui se méfie de la science et des scientifiques.